در ۱۱مرداد ۶۹ ارتش عراق کویت را به اشغال خود درآورد. این کار معادلات منطقه را برهم‌زد، جامعهٔ بین‌المللی از عراق می‌خواست که عقب‌نشینی کند اما عراق نپذیرفت.
شروع جنگ علیه عراق در تقدیر بود و مجاهدین هم ناخواسته تحت تأثیر این جنگ قرار می‌گرفتند.
مجاهدین پیش از شروع جنگ، برای پرهیز از هر گونه درگیری نظامی با هر نیرویی، در اطراف کرکوک تجمع کردند و دولت آمریکا را از مختصات قرارگاه‌هایشان مطلع نمودند.
در ۲۶دیماه همان سال نیروهای چندملیتی بمباران حیرت‌انگیز عراق را آغاز کردند و تا ۹اسفند ۶۹ ادامه دادند. در این تاریخ آتش‌بس بین عراق و نیروهای چندملیتی برقرار شد.
رژیم از تضعیف دولت مرکزی عراق در نتیجهٔ بمباران‌ها استفاده کرد و حملهٔ گسترده‌ای را به عراق آغاز نمود.
رژیم با بسیج تمام‌عیار سپاه پاسداران، تلاش کرد عراق را اشغال کند. قرارگاه‌های رمضان، نجف، انصار، لشکر ۹ بدر، تیپ مقداد و… علیه پایگاههای ارتش آزادیبخش فعال شدند.
به دستور شخص رفسنجانی قرارگاه رمضان جیره غذایی ۲۵هزار نفر به مدت ۱۰ماه را به‌منظور پیگیری عملیات در داخل خاک عراق دریافت نمود.
خامنه‌ای در این‌باره گفت:
«ما امیدواریم یک حکومت اسلامی در عراق به‌وجود بیاید».
سپاه پاسداران می‌خواست در مسیر اشغال بغداد، قرارگاه‌های مجاهدین را نیز اشغال کرده و آنها را کشته یا اسیر کند.
حتی رژیم اتوبوس آورده بود تا مجاهدین اسیر را به اوین منتقل کند.
اواخر اسفند ۶۹ درگیری بین مجاهدین و سپاه پاسداران آغاز شد و تا نیمهٔ فرودین ۷۰ طول کشید. در این سلسله نبردها که به مروارید معروف شد، مجاهدین نیروهای رژیم را درهم‌شکستند.
رفسنجانی بعداً به شکست در مقابل مجاهدین اعتراف کرد و گفت می‌خواستیم از دیواری بلندتر از قدمان بالا برویم.
