پس از سقوط شاه تا ۳۰خرداد ۶۰ سیاست مجاهدین فعالیت مسالمت‌آمیز سیاسی بود.
اما خمینی و دار و دسته‌اش هر روز فشار را علیه مجاهدین بالا می‌بردند.
هواداران سازمان توسط مزدوران خمینی کشته یا زخمی می‌شدند، دفاترشان مورد حمله چماقداران واقع می‌شد.
هزاران نفر از هواداران مجاهدین در این دوران بازداشت و زندانی شدند.
نشریهٔ مجاهد ارگان سازمان مجاهدین توقیف شد.
پدیدهٔ چماقداری که همان پاسداران و لباس‌شخصی‌ها بودند آن‌چنان گسترش پیدا کرد که احمد خمینی هم به این پدیده اعتراض کرد:
«چماقداری باید هر چه زودتر ریشه‌کن شود، چرا چماقداران را دستگیر نمی‌کنند»؟
در این دوران نزدیک به ۷۰نفر از مجاهدین توسط چماقداران به‌شهادت رسیدند.
آزادی‌ها در ایران روزبه‌روز محدود می‌شد. خمینی در ۴تیر ۵۹ رسماً به مجاهدین اعلام جنگ کرد و گفت:
«دشمن ما نه در آمریکا نه در شوروی و نه در کردستان است، بلکه در همین‌جا در مقابل چشم‌های ما، در همین تهران است».
سازمان مجاهدین برای جلوگیری از تقابل زودرس با خمینی و برای ادامه یافتن فضای بالنسبه باز سیاسی دفاتر و ستادهایش را تعطیل کرد.
در ادامه خمینی، بنی‌صدر را از فرماندهی کل قوا عزل کرد و درصدد بود تا عدم کفایت سیاسی او را در ۳۱خرداد ۶۰ در مجلس به تصویب برساند. مجاهدین در اعتراض به از بین رفتن آزادی‌ها تظاهراتی مسالمت‌آمیز در روز ۳۰خرداد ۶۰ ترتیب دادند. این تظاهرات به گلوله بسته شد و تعدادی کشته و مجروح و بازداشت شدند.
بعد از به خاک و خون کشیده شدن تظاهرات مسالمت‌آمیز نیم‌میلیون نفرهٔ مردم تهران در ۳۰خرداد، سازمان مجاهدین دو راه پیش‌رو داشت؛ تسلیم و ذلت در برابر خمینی، یا نبرد قهرآمیز انقلابی. سازمان مجاهدین هرگز تسلیم خمینی نشد و مبارزه قهرآمیز انقلابی را آغاز کرد.
