پس از انقلاب ضدسلطنتی مجاهدین وارد فعالیت‌های مسالمت‌آمیز سیاسی شدند.
در این مسیر در سال ۵۸، مجاهدین، مسعود رجوی را به‌عنوان کاندیدای ریاست‌جمهوری اعلام کردند.
موسی خیابانی در اولین میتینگ انتخاباتی در دانشگاه تهران گفت:
«ما بر حسب مسئولیت‌ها و وظایف‌مان وارد این صحنه شده‌ایم و نه از روی جاه‌طلبی. اگر اهل جاه‌طلبی بودیم درها به روی ما بسته نبود. ما همیشه رنج‌ها را تحمل می‌کنیم چون زندگی یک انقلابی یعنی تحمل همین رنج‌ها».
خمینی که دید اقبال عمومی از مجاهدین بسیار گسترده است، با این‌که قرار بود اظهارنظری در مورد کاندیداها نکند اما فتوایی مبنی بر حذف مسعود رجوی از رقابت‌ها صادر کرد.
مسعود رجوی بی‌درنگ انصراف داد و گفت:
«بایستی خاضعانه به شما بگویم که اگر این مبارزه انتخاباتی بازنده‌ای داشته باشد، آن بازنده من نیستم».
لوموند در همان تاریخ نوشت:
«اگر خمینی، رجوی را در ژانویه گذشته از نامزدی در انتخابات ریاست‌جمهوری کنار نمی‌زد، به‌گفته شخصیت‌های مختلف، او میلیونها رأی را به خود اختصاص می‌داد».
سازمان مجاهدین به‌رغم تمام فشارهایی که خمینی و پاسدارانش می‌آوردند اما در آن مرحله، از مبارزه مسالمت‌آمیز سیاسی و افشاگرانه ذره‌ای عدول نکردند.
سازمان مجاهدین در انتخابات مجلس شورای ملی نیز فعالانه شرکت کرد.
اما خمینی با تقلب‌های گسترده از راه‌یابی حتی یک مجاهد به مجلس جلوگیری کرد.
مسعود رجوی با تمامی تقلب‌ها ۵۳۰هزار رأی کسب کرد اما خمینی او را نیز حذف کرد.
مجاهدین در ملاقات با رفسنجانی که آن زمان وزیر کشور بود، انبوهی اسناد تقلب انتخاباتی به او ارائه کردند، رفسنجانی در جواب گفت:
«اینها را کنار بگذارید، اگر امام و ولایت فقیه را قبول می‌کردید همه درها به‌رویتان باز می‌شد».
مسعود رجوی هم در پاسخ گفت: «ما چماقداری و انحصارطلبی را تحت نام اسلام نمی‌پذیریم».
